Çok eski bir geçmişe sahip olan Gebze´nin Bitinya Krallığı Dönemi´nde M.Ö. IV.yy da kurulduğu sanılmaktadır. Bu dönemde İzmit Körfezinin kuzey kıyılarına düşen kesimlerde; Dacybza, Lbyssa, Kalos, Nikeiata, Galakrene, Brunga, Fhlokrene gibi yerleşim yerleri kurulmuştur. Yöre, M.Ö. 73 yılında Bitinyalı´lardan tamamen Romalılar´ın eline geçmiştir. Roma İmparatorluğu´nun 395 yılında parçalanmasıyla Bizans egemenliğine giren Gebze´nin Asya yönünden gelebilecek tehlikelere karşı savunma hattı olarak düşünüldüğü sanılmaktadır.

Gebze, 1323 tarihinde Orhan Gazi kumandanlarından Akçakoca´nın oğlu İlyas Bey tarafından fethedilerek Osmanlı topraklarına katıldı. Bu tarihten sonra bir dönem yine Bizans´ın eline geçen bölge, 1328 tarihinde Osmanlı ve Bizans Ordusu arasında yapılan Pelakanon Savaşı ile tekrar Osmanlı Egemenliği altına girmiştir. Bu tarihten Birinci Dünya Savaşı sonuna kadar Gebze Osmanlı İmparatorluğu´nda İzmit Bağımsız Sancağı´na bağlı bir kaza idi. Birinci Dünya Savaşı sonrasında imzalanan Mondros Mütarekesi ile bölge İngilizler tarafından işgal edilmiştir. 1921 yılında bu işgale Yunanlılar da katılmıştır. Anadolu´da başlatılan Milli Mücadele´ye paralel olarak Mustafa Kemal´in direktifleriyle Yahya Kaptan tarafından Gebze ve çevresinde Kuva-i Milliye hareketi oluşmuştur. Milli Mücadele  hareketi sonucunda 12 Ekim 1922 tarihinde Gebze ve çevresi düşman işgalinden kurtulmuştur.

Cumhuriyet Dönemi ile birlikte Gebze Kocaeli iline bağlı bir ilçe olmuştur.